科研产出
中江县丹参连作土壤细菌多样性研究
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为了揭示中江县丹参连作土壤的细菌多样性。【方法】在中江丹参GMP基地采取患病丹参根际与非根际土壤、正常生长丹参根际与非根际土壤,采用可培养和免培养技术细菌研究供试土壤的细菌类群变化。【结果】应用稀释分离法,从供试土壤中获得46株可培养细菌,16S rDNA-RFLP分析表明,在79%相似水平分为7个遗传群,对代表菌株16S rDNA进行序列分析,构建了系统发育树,供试菌株为芽孢杆菌属(Bacillus)、短杆菌属(Brevibacterium)、拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)和假单胞菌属(Pseudomonas)。【结论】PCR-DGGE图谱聚类分析表明,丹参连作显著影响了土壤细菌类群,供试土壤细菌类群间存在着明显的遗传多样性;条带克隆测序表明绝大多数菌株属于未培养细菌。
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四川阿坝不同生境绿绒蒿内生放线菌多样性
《微生物学通报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【背景】目前国内外对绿绒蒿内生放线菌的研究较为鲜见,利用可培养和免培养的方法可以丰富绿绒蒿内生放线菌资源。【目的】药用植物绿绒蒿生长于高海拔地区,而四川阿坝州生态环境适合绿绒蒿的生长,本研究旨在探究绿绒蒿内生放线菌的多样性及群落结构。【方法】从阿坝州6个不同地理位置采集的药用植物绿绒蒿,经严格的表面消毒后,用可培养和PCR-DGGE技术相结合的方法对其内生放线菌进行分析。【结果】可培养方法分析表明不同器官放线菌数量为根>叶>茎>花;16S r DNA限制性内切酶片段长度多态性(RFLP)分析将供试菌株分为7个遗传群,系统发育分析表明,绿绒蒿内生放线菌可分为3簇遗传群落,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌群,占总数的50%,还包括北里孢菌属(Kitasatospora)和厄氏菌属(Oerskovia),其中茎分离的放线菌多样性最好。不同地理位置的绿绒蒿经过PCR-DGGE技术分析表明,采样点松潘尕力台的根、茎、叶多样性指数最好,红原安曲乡的花多样性指数最好,而同一地理位置绿绒蒿内部组织之间总体来看茎和花的多样性指数最好,通过测序条带系统发育发现绿绒蒿内生放线菌可分为8簇遗传群落,红球菌属(Rhodococcus)为优势菌群,占总数的70%,还包括棒杆菌属(Corynebacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、微球菌属(Micrococcus)、栖霉菌属(Mycetocola)、微杆菌属(Microbacterium)、假诺卡氏菌属(Pseudonocardia)和链霉菌属(Streptomyces)。【结论】绿绒蒿根、茎、叶、花组织中具有丰富的多样性,能够为以后活性物质和药用功效的研究奠定基础。
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不同品种桑树根际土壤细菌群落及土壤理化性质的研究
《蚕业科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：桑树与土壤的物质交换发生在根际土层,研究不同品种桑树根际土壤的细菌群落,对了解不同品种桑树的根系生理活动差异,确定有利于桑树生长发育的土壤细菌群落生态系统有重要意义。对采集的不同品种桑树根际土壤细菌的16S r DNA部分序列进行PCR,根据扩增产物的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱计算Shannon-Weaver多样性指数(H)、丰富度(S)和均匀度(E),并结合土壤理化性质,对20个桑品种的桑树根际土壤细菌群落的多样性进行分析。在一定范围内,各桑品种的桑树根际土壤细菌群落多样性指数与含水率和速效钾含量呈负相关,而与p H值及碱解氮、速效磷、有机质和全氮含量呈正相关,说明不同品种桑树根系的生理活动影响到根际土壤的理化性质;不同品种桑树根际土壤中存在共有的细菌,根际土壤细菌16S r DNA扩增产物的DGGE图谱呈现13个优势条带,其中4个条带属于γ-变形菌纲,有4个条带属于拟杆菌门,占条带总数的57.14%,为桑树根际土壤中的优势菌群;20个桑品种的桑树根际土壤样品细菌群落的Shannon-Weaver指数,以实钴11-6最高,桐乡青最低,说明不同品种桑树的根际土壤细菌群落多样性存在差异。综上结果建议生产上选择适合桑品种的栽培土壤并改善土壤质量和施用高效微生物肥料,促进桑树根际土壤优势菌群的形成,从而促进桑树生长。
关键词： 桑品种 根际土壤 细菌群落 16S r DNA 变性梯度凝胶电泳 土壤理化性质
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川楝内生放线菌多样性及群落结构研究
《四川大学学报(自然科学版) 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：为深入挖掘川楝药材中的微生物资源,研究分析了川渝地区川楝内生放线菌的多样性和群落结构.运用PCR-DGGE技术对重庆万州、四川资阳、四川遂宁三个地区采集的川楝样品进行分析.DGGE图谱显示不同地区相同部位的样品以及相同地区的不同部位之间川楝内生放线菌都存在多样性差异,这种差异来自于地域环境和自身代谢水平的不同.不同部位总体上呈现树皮的多样性最丰富,而果实的多样性最差.对DGGE条带进行回收测序,共获得24条序列,归于11个属,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属占25%,其余的川楝内生放线菌归于为芽球菌属(Blastococcus)、气微菌属(Aeromicrobium)、中村氏菌属(Nakamurella)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、棒杆菌属(Corynebacterium)、红球菌属(Rhodococcus)、冷杆菌属(Cryobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、诺卡氏菌属(Nocardioides)、利夫森氏菌属(Leifsonia)等稀有放线菌属,占总数的75%.结果表明分布于不同地域的川楝各组织内生放线菌多样性及群落结构存在差异,蕴藏着丰富的放线菌资源.
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利用DGGE分析窖泥复合功能菌液的细菌群落结构
《中国酿造 》 2016 北大核心
摘要：采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析窖泥复合功能菌液中各原料(窖泥、酒糟、大曲粉、黄水、己酸菌)对其细菌群落结构的影响。群落结构相似性分析结果显示,从窖泥复合功能菌液原配方中去除酒糟、己酸菌和黄水后进行培养,菌液细菌群落结构与窖泥复合功能菌液的相似性指数(Sc)仅为0.34;多样性指数分析结果显示,去除酒糟或己酸菌,细菌多样性指数(H)显著下降(p<0.05),去除己酸菌的窖泥复合功能菌液多样性指数(H)下降最为明显。结果表明,窖泥复合功能菌液中各组分对菌液的细菌群落结构存在一定影响,其中以己酸菌的影响最大。该研究为改良优化窖泥复合功能菌液的配方提供理论依据。
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浓香型白酒窖泥放线菌的群落结构及其多样性
《生态学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以泸州老窖1、50、100和400年窖泥为研究对象,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)研究浓香型白酒窖泥放线菌的群落结构及其多样性。DGGE图谱显示,除1年样品外,其余窖底泥多样性指数(H)均低于同窖龄窖壁泥,但均匀度指数(EH)较高。不同窖池相同部位窖泥的群落结构变化趋势为:随窖龄的延长,窖壁泥H值逐渐上升,为1.74—2.28;窖底泥下降,为1.73—2.07。EH值均为波动下降,分别在0.986—0.991和0.971—0.994之间。窖底泥相似性系数(SC)逐渐上升,为0.46—0.82;窖壁泥为0.31—0.62。DGGE条带测序结果显示,窖泥放线菌归于Olsenella、Atopobium、Streptomyces和Corynebacterium 4个属。Olsenella和Atopobium属为共有的优势属,且在窖壁泥中的优势度(di)均随窖龄延长而降低,在窖底泥中升高。实验结果表明,浓香型白酒窖泥蕴藏着丰富的放线菌资源,群落结构和多样性存在差异,菌群演替呈现一定规律性。
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烟草土壤真菌群落结构和多样性及环境因子对其影响
《四川师范大学学报(自然科学版) 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以盐边县代表性烟草种植区域的成熟期烟草根际及非根际土壤为研究对象,利用变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析了真菌(18S基因)群落结构和多样性,结合之前研究所得土壤理化性质,应用多元回归树分析研究了土壤环境因子对真菌多样性的影响.免培养真菌群落结构和多样性的分析结果表明,系统的根际效应在成熟期烟草中没有体现.条带克隆测序结果表明,成熟期烟草根际和非根际免培养真菌优势种群差异显著,其中,以EF6-1为代表的不可培养真菌为非根际土壤中的特异真菌;以EF7-1为代表的不可培养真菌为根际土壤中的特异真菌.同时烟草成熟期根际土壤中优势免培养真菌为角担菌科(Ceratobasidiaceae)、伞菌纲(Agaricomycetes)、散囊菌纲(Eurotiomycetes)、马拉色菌属(Malassezia)、球囊霉属(Glomus)及部分不可培养真菌;而角担菌科(Ceratobasidiaceae)、伞菌纲(Agaricomycetes)及部分不可培养真菌为烟草成熟期非根际优势真菌.多元回归树分析结果表明,土壤环境因子中速效钾含量对真菌群落结构及多样性影响最大.
关键词： 成熟期 群落结构 多样性 多元回归树 变性梯度凝胶电泳
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四川松茸内生细菌群落结构与多样性
《应用生态学报 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：为了解松茸的内生细菌群落结构与多样性,以采自四川7个松茸主产区的14个松茸样品为材料,通过变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析其内生细菌的群落结构与多样性差异.结果表明:各个产区松茸样品的内生细菌群落结构与多样性存在明显差异.但采自相近地点、相似环境的松茸样品内生细菌群落结构相似性较高;样品的丰度范围为15~25,多样性指数依次为盐源>冕宁>会东>木里>雅江>盐边>小金;条带回收测序构建的系统发育树显示,松茸内生细菌种群丰富,各个产区松茸优势种群存在一定的差异,但假单胞菌属、爱文菌属、芽孢杆菌属在所有样品中均有分布,而且都占据一定的优势地位.产碱杆菌属与鞘氨醇杆菌属在大部分样品中为优势种群;而杜擀氏菌属、赖氨酸芽孢杆菌属在特定样品中为优势种群.表明松茸内生细菌具有丰富的多样性,研究结果可为筛选促进松茸生长的内生菌提供依据.
关键词： 松茸 内生细菌 群落结构 PCR-DGGE 促生细菌
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秸秆还田与施肥对稻田土壤微生物生物量及固氮菌群落结构的影响
《生态学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：利用氯仿熏蒸法和变性梯度凝胶电泳法(PCR-DGGE)研究了秸秆覆盖还田与施肥对灰棕冲积水稻土0—10cm和10—20cm土层土壤微生物生物量碳、氮和固氮菌群落结构的影响。结果表明:土壤微生物量碳、氮和固氮菌多样性从0—10cm土层到10—20cm土层均呈现降低趋势。无秸秆覆盖处理(对照组)的土壤微生物生物量碳(SMB-C)和微生物生物量氮(SMB-N)量最小。在秸秆覆盖还田处理中,低氮和无钾处理的SMB-C和SMB-N都显著低于全量氮磷钾肥处理。虽然无磷处理的SMB-N低于全量氮磷钾处理,但差异不显著。说明秸秆覆盖还田配施充足氮磷钾肥能显著提高土壤微生物生物量碳、氮。由DGGE图谱多样性指数分析得知,配施充足氮磷钾肥的处理土壤的固氮菌多样性最丰富。UPGMA聚类分析显示,10种不同处理的聚类图也不同,对照(无秸秆)处理0—10cm和10—20cm的微生物不同于其它处理单独聚在了一个群里。DGGE条带测序得知,14个条带的近缘种大部分为非培养细菌nifH基因片段,主要优势菌群其归属于变形菌门(Proteobacteria)的β-变形菌纲(Betaproteobacteria)。应用PCR-DGGE技术可以解释灰棕冲积水稻土秸秆覆盖不同肥料用量固氮菌分子群落结构特点。
关键词： 秸秆还田 灰棕冲积水稻土 微生物生物量 PCR-DGGE 固氮菌群落结构
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浓香型白酒窖泥古菌群落结构及其多样性
《食品与发酵工业 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：以泸州老窖1、50、100和400年窖泥为研究对象,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)研究浓香型白酒窖泥古菌的群落结构及其多样性。DGGE图谱显示,同窖池窖泥多样性指数(H)和均匀度指数(EH)均以窖底泥较高。不同窖池同部位窖泥的H值差异较大,窖壁泥和窖底泥H值分别为2.54~2.86和2.76~3.23;EH值差异较小,且随窖龄延长而上升,分别为0.985~0.991和0.991~0.995。此外,同窖池窖泥的群落结构相似性系数(S C)水平较高,为0.36~0.74;其次是窖底泥,为0.42~0.63;窖壁泥为0.36~0.52。测序结果显示,与DGGE条带序列亲缘最近的种属均为产甲烷菌,归于甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)、甲烷杆菌属(Methanobacterium)、甲烷鬃菌属(Methanosaeta)和甲烷囊菌属(Methanoculleus)。其中,甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)在不同窖泥中占优势,优势度为7.23%~39.64%。实验结果表明,浓香型白酒窖泥古菌群落结构及其多样性因窖龄和空间分布的不同而存在差异,其中以同窖池古菌种类较相似,窖底泥群落结构较稳定;窖泥中蕴藏着产甲烷菌资源,具有进一步开发研究的价值。
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