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基于高通量测序的川陕哲罗鲑转录组分析

文献类型： 会议论文

第一作者： 文秦超

作者： 文秦超 1 ; 张修月 1 ; 李华 2 ; 宋昭彬 1 ;

作者机构： 1.四川大学生命科学学院,四川省濒危野生动物保护生物学重点实验室,四川成都 610065

2.四川省农业科学院水产研究所,四川 成都 611731

关键词： 川陕哲罗鲑;转录组;高通量测序;生物信息学

会议名称： 2018长江生物资源保护论坛水生野生动物保护分论坛

主办单位： 农业农村部`湖北省人民政府

页码： 00000247-00000256

摘要： 川陕哲罗鲑(Hucho bleekeri)是长江上游特有的珍稀鱼类,国家Ⅱ级保护动物.曾广泛分布于岷江和大渡河水系,由于人类活动和环境变化的影响,其种群数量急剧下降,被列为IUCN红色名录和中国生物多样性红色名录极危(CR)物种.本研究采用Illumina Hiseq4000高通量技术测定了川陕哲罗鲑幼鱼转录组,使用生物信息学方法分析了其基因功能和表达状况.测序获得7056975个reads片段,对其进行质控、组装后获得203888个转录本,N50为1854bp.使用NR和GO数据库进行注释,共得到79个2级的GO条目,其中,大量转录本与细胞组件、细胞过程有关.KOG注释将转录本的功能划分为26类,最大类为信号转导机制.KEGG通路分析发现,转录本大量归属于信号转导通路.川陕哲罗鲑幼鱼转录组中共发现26371个SSR,出现频率最高的为AC/GT重复单元;共发现2696705个ORF.本研究对川陕哲罗鲑转录组的分析结果,可为今后的相关研究提供参考.

分类号： Q959.466.03

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