科研产出
南瓜小西葫芦黄花叶病毒四川分离物的鉴定与遗传进化分析
《生态学杂志 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为了了解产生花叶症状的南瓜是否含有植物病毒，本研究采用小RNA深度测序等技术对四川地区南瓜样品进行分析，获得小西葫芦黄花叶病毒(zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)的全基因组，命名为SCSN分离物。SCSN分离物基因组全长9572 nt,编码一个351.1 kDa的多聚蛋白。序列一致性分析表明，SCSN与中国浙江的WM分离物相似性最高，其多聚蛋白氨基酸一致性为97.4%。重组分析表明，SCSN分离物是由WM分离物和西班牙的Ver分离物重组而成的。将SCSN全基因组序列与GenBank中基因组长度超过9300 nt的159条序列共同构建系统进化树，表明来自于28个国家和地区的ZYMV分离物聚为7个类群，其中SCSN分离物聚为第1类群。进一步分析表明，ZYMV的系统进化与地理分布存在相关性，且存在优势ZYMV类群。这是四川ZYMV分离物全基因组的首次报道，研究为防范ZYMV通过远距离传播扩散危害提供理论依据。
关键词： 小西葫芦黄花叶病毒 分离物 全基因组 重组 系统进化 南瓜
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烟青虫不同地理种群的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育
《四川农业科技 》 2024
摘要：烟青虫是一种世界性的农业害虫,对烟草种植危害严重,在我国四川、贵州、华中等多个烟草产区造成了巨大损失,损失量达到15%.烟青虫在亚洲、非洲和澳洲分布广泛,本研究对分布在不同地理种群的烟青虫进行mtDNA COI基因序列分析,同时研究其系统发育关系,为研究四川省烟青虫防治提供借鉴.结果表明,昆明和玉溪为同一个类群;昭通和珠海为同一个类群;韩国、宿迁、妙峰山为同一个类群;进化关系为((((昆明+玉溪)(昭通+珠海))+(大理+丽江))+(印度+(妙峰山+(韩国+宿迁)))).研究结果揭示了 10个来自不同地区烟青虫的COI基因序列特征以及发育关系,为研究凉山州烟青虫的防治和系统发育提供了基础分子数据.
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甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛KNOX基因家族鉴定及其在块根发育中的表达分析
《核农学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究甘薯近缘种三浅裂野牵牛KNOX(ItrKNOX)基因家族在块根发育过程中的作用，本研究在基因组水平对ItrKNOX基因家族进行了鉴定，并利用转录组测序技术对ItrKNOX基因在三浅裂野牵牛Y22块根发育不同阶段的表达量变化进行了分析。共鉴定到分布于10条染色体的12个ItrKNOX基因。进化分析显示，这些ItrKNOX基因可分为Class Ⅰ、Class Ⅱ和Class M三类，KNOX家族基因的类型和数目在三浅裂野牵牛、三裂叶薯、牵牛和圆叶牵牛这4个甘薯属二倍体物种基因组中都较为稳定，其中三浅裂野牵牛和三裂叶薯的亲缘关系较近。对ItrKNOX基因启动子区进行分析，发现多个与生长发育、植物激素、光和逆境胁迫相关的顺式作用元件。转录组分析显示，在Y22块根发育过程中，不同ItrKNOX基因表达模式不同。其中，Class M基因ItrKNOX12几乎不表达，而ItrKNOX02、ItrKNOX03、ItrKNOX09和ItrKNOX10在整个根部发育过程中持续高表达。从不定根时期到块根发育期，ItrKNOX01～ItrKNOX03、ItrKNOX05、ItrKNOX09和ItrKNOX11的表达量明显上调，ItrKNOX08的表达量明显下调。值得注意的是，ItrKNOX06在块根膨大到直径大于2 mm后表达量才明显上调，ItrKNOX07在不定根和成熟块根中表达水平明显低于发育中的块根。本研究为探索甘薯及其近缘野生种三浅裂野牵牛KNOX家族基因的功能和调控机制提供了参考。
关键词： 三浅裂野牵牛 KNOX基因家族 进化 基因表达 块根发育
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基于CiteSpace的地果(Ficus tikoua)知识图谱分析
《中国野生植物资源 》 2023 CSCD
摘要：目的:分析地果研究领域的现状和发展趋势,为其研究和应用提供参考.方法:以中国知网(CNKI)期刊全文数据库和Web of Science核心数据库为文献来源,基于CiteSpace对地果研究领域的发文量、发文机构、研究作者、关键词和高被引文献进行分析.结果:地果研究相关文献的数量处于波动状态,总量较少,质量还需提升;中国是研究地果的主要国家,且国内研究机构主要位于其自然分布区域内,国际上对地果的关注极少.国内核心作者源于机构内的合作,机构之间协作较少.总黄酮和化学成分等主题是当前地果的研究热点.结论:目前,对地果的研究少、开发利用程度低,未来应加强品种选育以发挥其在园林、药用、食用和生态修复等方面的优良特性,同时应加强对其系统发育和地果-榕小蜂协同进化等研究.
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三株海南岛野生灵芝的鉴定、多糖组成及其抗氧化活性研究
《天然产物研究与开发 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为探究海南岛部分野生灵芝的功效活性以及对野生灵芝的合理利用,分别对采集于海南岛的三株野生灵芝进行了形态和分子鉴定,并对子实体多糖的单糖组分和抗氧化活性进行了分析.结果表明,HN-1为紫芝(Ganoderma sinense)、HN-2为南方灵芝(Ganoderma australe)、HN-3为无柄紫灵芝(Ganoderma mastoporum);三株灵芝多糖的单糖组成和摩尔比存在一定的差异,HN-1多糖主要由甘露糖、木糖、鼠李糖组成,其摩尔比为1∶0.29∶0.14,HN-2多糖主要由甘露糖、葡萄糖组成,其摩尔比为1∶1.7,HN-3多糖主要由甘露糖、木糖、葡萄糖组成,其摩尔比1∶1.98∶1.8;三株灵芝的多糖都具有较强的抗氧化能力,其抗氧化能力都随着多糖质量浓度的增加而提高,HN-1的抗氧化活性最强,其次是HN-3,HN-2的抗氧化活性最弱.该研究结果为更好的保护和利用海南岛野生灵芝资源提供了基础资料,具有一定的参考价值.
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南方灵芝ITS、EF1-α和RPB2序列多态性研究（英文）
《菌物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：内转录间隔区(ITS)、延伸因子1-α(EF1-α)与RNA聚合酶II第二大亚基(RPB2)是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了南方灵芝Ganodermaaustrale的ITS、EF1-α和RPB2在同一个体中的序列差异,并探讨这种序列差异是否会影响分子鉴定的准确性。结果表明,在南方灵芝供试样品中,ITS、EF1-α和RPB2序列都有可能存在个体内变异,但个体内变异程度不尽相同。基于供试样品和克隆测序结果发现,ITS序列在同一个体内的变异最高可达2.3%,而RPB2序列在同一个体内的差异仅0.5%,EF1-α序列在同一个体内序列差异也可高达1.8%。ITS和EF1-α序列在同一个体内的差异可能超过了灵芝属部分物种间的差异,对于部分灵芝属物种来说直接利用克隆序列进行分子鉴定或系统发育分析可能存在一些问题。
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南方灵芝ITS、EF1-α和RPB2序列多态性研究（英文）
《菌物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：内转录间隔区(ITS)、延伸因子1-α(EF1-α)与RNA聚合酶II第二大亚基(RPB2)是真菌系统学研究中常用的基因片段。已有研究发现,在同一个体内ITS也可能存在差异,但EF1-α和RPB2是否也存在同样的现象却鲜有报道。本研究通过克隆测序,分析了南方灵芝Ganodermaaustrale的ITS、EF1-α和RPB2在同一个体中的序列差异,并探讨这种序列差异是否会影响分子鉴定的准确性。结果表明,在南方灵芝供试样品中,ITS、EF1-α和RPB2序列都有可能存在个体内变异,但个体内变异程度不尽相同。基于供试样品和克隆测序结果发现,ITS序列在同一个体内的变异最高可达2.3%,而RPB2序列在同一个体内的差异仅0.5%,EF1-α序列在同一个体内序列差异也可高达1.8%。ITS和EF1-α序列在同一个体内的差异可能超过了灵芝属部分物种间的差异,对于部分灵芝属物种来说直接利用克隆序列进行分子鉴定或系统发育分析可能存在一些问题。
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MALDI-TOF MS与16SrDNA方法对肠杆菌科微生物鉴定比较分析
《质谱学报 》 2018 EI 北大核心 CSCD
摘要：为了研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴定肠杆菌科微生物及其对微生物系统分类学相关分析的准确性,采用MALDI-TOF MS对金桔表面分离的10种肠杆菌科微生物进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现微生物的鉴定与系统进化学分析;同时对10种微生物进行16SrDNA提取与测序,得到分子生物化学水平鉴定,并采用邻近连接法对16SrDNA序列做系统进化树分析。结果表明:MALDI-TOF MS与16SrDNA测序对10种肠杆菌科微生物鉴定结果中,克雷伯菌属2株菌鉴定种级有偏差,其他8种一致;MALDI-TOF MS与16SrDNA测得的数据都可计算微生物相关性,从而得到微生物系统发育树,两株系统发育树中同属级微生物归类的亲缘位置与方向一致,但不同属肠杆菌科微生物的亲缘距离与位置差异较大。MALDI-TOF MS法鉴定农产品表面微生物具有快速、准确的特点,但准确建立系统发育相关性还需要扩大数据库和优化算法。
关键词： 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 16SrDNA 肠杆菌科微生物 系统进化
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不同块菌的系统发育分析和对小鼠的免疫调节作用
《天然产物研究与开发 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：研究分析夏块菌(Tuber aestivum)、印度块菌(Tuber indicum)和白块菌(Tuber panzhihuanense)对小鼠免疫功能的调节作用。将三种新鲜块菌制成匀浆液,按照高剂量(125 g/kg)、低剂量(2.5 g/kg)的块菌经灌胃不同剂量的块菌匀浆,每天灌胃一次,连续2周,以生理盐水为对照组。分别通过中性红的吞噬实验来检测小鼠巨噬细胞的吞噬能力,MTT法测定ConA诱导的小鼠脾淋巴细胞增值指数,SRBC免疫小鼠后检测其半数溶血值(HC50),测定小鼠的体液免疫功能。结果显示夏块菌、印度块菌和白块菌实验组都能显著提高小鼠巨噬细胞的吞噬能力,其中低剂量组的白块菌效果最显著,三种块菌匀浆都显著增强了小鼠脾淋巴细胞的增殖作用,高剂量组的印度块菌效果最好,同时都大幅提高小鼠血清溶血素的含量,各实验组之间的差异不显著(P<0.05)。研究表明这三种新鲜块菌匀浆能够显著增强机体的免疫力,综合分析得出印度块菌的高剂量组效果更显著。
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草莓表面典型微生物鉴定、16SrDNA同源性分析及附着能力研究(Ⅰ)
《西南农业学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：按照草莓生长的3个阶段对四川草莓主产区某生产基地进行2年度连续抽样,对分离的草莓表面微生物进行生化鉴定和16SrDNA测序鉴定;假单胞菌、阴沟肠杆菌2种出现率较高的微生物采用最大简约法(MP)进行同源性分析;并对致软腐微生物进行附着和清洗试验。结果表明,沙雷菌,泛菌属泛菌,少动鞘氨醇单胞菌在草莓青果期出现率较高,假单胞菌,阴沟肠杆菌在各个时期不同地域的草莓均有检出;采摘时间及成熟程度不同草莓表面分离的假单胞及阴沟肠杆菌具有同源性但分子水平仍有差异;清洗试验表明10%的盐水和含氮清洗剂可以改变微生物的渗透压,有效清除表面附着的假单胞菌和阴沟肠杆菌。本试验对草莓表面致腐微生物的研究将为草莓的安全食用提供参考。
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