科研产出
茶树叶型性状的全基因组关联分析
《西南农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]发掘与叶型性状关联的SNP位点,为茶树分子标记辅助育种提供参考依据.[方法]对收集于四川本地的91份茶树自然群体开展简化基因组测序(GBS),并利用测序获得的863 468个SNP标记对叶长(YC)、叶宽(YK)、长宽比(CKB)、叶身(YS)、叶色(YSZ)、叶尖(YD)、叶脉对数(YM)和叶缘(YY)8个叶型性状开展基于广义线性模型[GLM(Q)模型]的全基因组关联分析.[结果]在P<0.01条件下,其中6个性状共检测到38个显著SNP位点,分别是叶长(YC)关联到1个,长宽比(CKB)关联到24个,叶色泽(YSZ)关联到6个,叶尖(YD)关联到2个,叶脉对数关联到1个,叶缘关联到4个.38个显著SNP位点对关联性状的解释率为31.37%~60.70%.进一步在显著位点上下游50 kbp区域内进行候选基因挖掘,共得到8个候选基因:CS4011953(Sec11a)、CSA027293(CAD3)、CSA020561(GAE2)、CSA008530(AIM1)、CSA008531(MFP)、CSA008532(AIM1)、CSA008763(CYP72A154)、CSA029592(RABG3F).对候选基因进行GO和KEGG注释,根据注释结果初步预测基因CSA027293(CAD3)与长宽比(CKB)、CSA008763(CYP72A154)与叶色(YSZ)紧密关联.[结论]38个茶树叶型性状显著关联的SNP位点发掘与2个候选基因预测可为茶树调控叶型基因精确定位、分子标记辅助育种提供基因资源和参考依据.
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普通小麦'Holdfast'条锈病成株抗性QTL定位
《作物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：Holdfast是来自英国的小麦品种,多年来一直保持良好的条锈病持久抗性.本研究目的是发掘Holdfast的条锈病成株抗性基因及其紧密连锁的分子标记,为小麦持久抗性品种选育提供材料和方法.利用铭贤169和Holdfast杂交后代重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体,于2014—2015和2015—2016年度在甘肃甘谷、甘肃中梁和四川成都进行条锈病成株抗性鉴定,并统计最大严重度(maximum disease severity,MDS).基于小麦660K SNP芯片和BSA(bulked segregant analysis)技术初步确定抗病基因所在的染色体后,将目标区域的SNP标记转化为KASP(Kompetitive allele specific PCR)标记,检测整个RIL群体,进行基因型分析.最后进行RIL群体条锈病成株抗性的QTL分析,在5AL和7AL染色体上发现了2个成株抗性QTL.5A染色体长臂上1个条锈病成株抗性QTL QYr.gaas-5AL,在所有环境下均存在,可解释6.5%~9.3%的表型变异;QYr.gaas-5AL位于标记Ax-109948955和Ax-108798241之间,连锁距离分别为0.5 cM和1.1 cM.在7A染色体长臂上定位到1个条锈病成株抗性QTL QYr.gaas-7AL,在2015年和2016年甘谷环境中均稳定存在,分别解释6.2%和7.3%的表型变异;QYr.gaas-7AL位于标记Ax-110361069和Ax-108759561之间,连锁距离分别为0.5 cM和0.7 cM.携带QYr.gaas-5AL和QYr.gaas-7AL抗病等位基因家系的MDS显著低于感病等位基因家系的MDS,表明QYr.gaas-5AL和QYr.gaas-7AL可有效降低条锈病严重度,可应用于小麦抗条锈育种.
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