A型塞内卡病毒感染PK-15细胞环状RNA表达谱分析

陈彦希; 王晨; 罗愿; 周远成; 徐志文; 彭远义; 宋振辉; 刘骁; 《中国畜牧兽医 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：【目的】分析A型塞内卡病毒（Seneca virus A,SVA）感染猪肾上皮细胞（PK-15）后环状RNA（circular RNA,circRNA）表达谱的变化，探究circRNAs在SVA感染过程中发挥的潜在调控作用。【方法】本研究基于Illumina HiSeq 2000平台对SVA感染及对照PK-15细胞circRNAs转录组进行测序，并对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能及KEGG通路富集分析，通过实时荧光定量PCR对新发现的circRNAs进行表达水平鉴定。【结果】转录组测序结果显示，SVA感染组、PK-15细胞对照组中共有432种circRNAs被发现。在SVA感染PK-15细胞中，87种circRNAs表达水平相对对照组PK-15细胞显著上调，74种circRNAs表达水平显著下调。对差异表达circRNAs的来源基因进行GO功能注释分析表明，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于核仁、细胞器膜和细胞大分子代谢、发育等生理过程。KEGG通路富集结果显示，SVA感染组差异表达circRNAs来源基因主要富集于胞吞过程、cAMP信号通路、Rap1信号通路、Ras信号通路。对6种新发现的显著差异表达的circRNAs进行实时荧光定量PCR验证，结果显示，其表达水平与高通量测序结果趋势一致。【结论】本研究首次对SVA感染PK-15细胞的circRNAs表达谱进行差异分析，发现差异表达的circRNAs广泛参与动物机体大分子代谢、胞吞及细胞增殖、黏附、抗病毒过程，为进一步探究circRNAs在SVA感染过程中的分子机制提供了理论依据。

关键词： 环状RNA（circRNA） A型塞内卡病毒（SVA） 高通量测序 PK-15细胞