Mapmarker/Exp3.0遗传图谱构建中重要参数设置初步探讨

李俊; 董雪芳; 张泽全; 魏会廷; 彭正松; 胡晓蓉; 杨武云; 《西南农业学报 》 2009 北大核心 CSCD

摘要：Mapmarker/Exp(3.0)是目前分子作图中应用最广的软件之一,但由于许多重要参数的默认值并非是作图的最佳值,影响提高作图的精确性。本文以川麦42×川农16重组近交系(F8)作图群体为实例,对Mapmarker/Exp 3.0软件在遗传作图中不同LOD值、max distance值以及用compare and try、compare和order 3种排序方式对遗传图谱的影响进行了初步比较,结果表明,作图过程中,不应强求采取统一LOD值,对于特殊的连锁群可采取不同的LOD值;max distance值在20至50为宜,值过小容易遗漏大量本来正确连锁的标记;小于等于7个标记的连锁群可直接用compare命令排序。

关键词： Mapmarker/Exp3.0 遗传连锁图谱 LOD值