科研产出
基于CO Ⅰ基因的酸模角胫叶甲DNA条形码研究
《中国植保导刊 》 2023 北大核心
摘要：经调查,一种叶甲在四川省阿坝藏族羌族自治州药用植物唐古特大黄上大量发生为害,严重影响当地大黄产业.从受害株上采集卵、幼虫、成虫样品,进行形态学鉴定,并对样品的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因进行PCR扩增和测序,获得该虫不同发育阶段的COⅠ基因序列,与数据库中酸模角胫叶甲(Gastrophysa atrocyanea)COⅠ基因比较,相似性达98.54%~99.81%,再利用K2P模型构建NJ系统进化树,确定遗传关系.结果显示,这种为害唐古特大黄的叶甲即酸模角胫叶甲.本研究使用的基于CO Ⅰ基因的DNA条形码技术可实现对该虫不同发育阶段(卵、幼虫、成虫)快速而准确的鉴定,从而为及时开展防治提供依据.
关键词： 酸模角胫叶甲 唐古特大黄 DNA条形码 鉴定 CO Ⅰ
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川芎种质鉴定标记开发和系统发育研究
《中草药 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：目的基于藁本属Ligusticum叶绿体基因组高频插入缺失区域开发InDel标记,同时结合通用条形码对道地川芎及其常用混伪品进行种质鉴定和系统发育研究。方法通过8个DNA通用条形码ycf1、matK、ITS2、rpoC1、rbcL、rpoB、trnK、psbA-trnH序列片段对采集的26个川芎样品及其常用混伪品进行了扩增和测序,采用了遗传距离统计法、barcoding gap分析法和构建系统发育树法进行亲缘关系和系统发育研究。同时利用InDel分子标记,采用构建进化树法对道地川芎及其混伪品物种进行分子鉴定。结果 rbcL片段保守位点最多(97.32%),且GC含量最高(44.9%)。rbcL+rpoB片段具有最小的平均种内遗传距离(0.002 5),psbA-trnH片段具有最大的平均种间遗传距离(0.429 2)。trnK片段和rbcL+rpoB片段具有最高的种间变异,psbA-trnH片段的"barcodinggap"区重叠度最小。采用的8对DNA通用条形码无法准确地鉴定道地川芎药材与其他混伪品物种。InDel分子标记的聚类分析中,24对InDel引物中的4对引物组合能准确地鉴定出道地川芎,并将道地川芎及其混伪品物种聚类为4个分支,其中一个分支为采集的道地川产川芎药材。结论 InDel标记对道地川芎及其常用混伪品的鉴定能力高于通用条形码。对于传统的通用DNA条形码,由于遗传成分差异大,无法区分川芎及其常用混伪品。新开发出的InDel分子标记可以有效地鉴定道地川芎及其常用混伪品,从分子水平上为川芎道地性研究提供有效手段。
关键词： DNA条形码 川芎 种质鉴定 InDel 分子标记
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