川乡黑猪基因组选择信号分析

梁艳; 顾以韧; 刘鹏亮; 郝晓东; 弥世荣; 陶璇; 杨雪梅; 杨跃奎; 王言; 陈晓晖; 龚建军; 吕学斌; 何志平; 《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：本文旨在研究川乡黑猪与杜洛克猪的群体遗传结构，筛选与川乡黑猪重要经济性状相关的基因组选择信号及候选基因。利用“中芯一号”SNP芯片，对286头川乡黑猪和251头杜洛克猪进行了SNP检测、主成分分析、连锁不平衡衰减分析、群体遗传结构分析以及进化树构建；运用FST和θπ方法筛选了川乡黑猪基因组中受选择的信号区域，并挖掘了潜在的候选基因。结果显示，对基因型数据进行质控后共获得31 196个SNP位点，在遗传结构和进化树中川乡黑猪与杜洛克可以明显分为2支。2个群体均表现出连锁不平衡随距离升高逐渐衰减的规律，且杜洛克的连锁不平衡强度高于川乡黑猪。选择信号分析筛选到671个在川乡黑猪中受选择的位点，涉及183个候选基因，包括6个可能与脂质代谢相关的基因（ARRDC3、FABP5、GGPS1、GNPAT、LIPA、MEF2C）,2个与抗病相关的基因（CD180、IFIT1）,3个与心肺发育以及低氧适应相关的基因（NKX2-5、SPRY2、EGLN1）以及3个与繁殖相关的基因（CPEB3、CCNH、 CCNB1）。研究结果为川乡黑猪种质资源的保护及利用提供了重要遗传信息，鉴定到的受选择位点和基因也为川乡黑猪的分子标记辅助选择提供了数据依据。

关键词： 川乡黑猪 SNP芯片 遗传结构 选择信号 候选基因