科研产出
HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织的表达特点及生物信息学分析
《中国畜牧杂志 》 2025 北大核心
摘要：藏猪作为我国重点保护的高原型猪种，在长期的繁衍和进化过程中形成了适应高原低氧环境的能力，并成为研究高原低氧适应机制的模式动物。缺氧诱导结构域家族成员2A(Hypoxia Inducible Domain Family Member 2A,HIGD2A)蛋白可调节线粒体呼吸链复合物的组装，进一步影响细胞有氧能量代谢。本研究以不同海拔藏猪肺组织为试验材料，分析了HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织中的表达情况，利用在线生物信息学工具解析了HIGD2A基因的启动子特征，以及与HIGD2A基因潜在作用的miRNA。结果表明，HIGD2A基因在低海拔地区（500 m）的表达水平高于高海拔地区（3100 m和3850 m,P<0.01）；通过在线生物信息学网站进一步分析发现，HIGD2A基因启动子上游1 489～1 760 bp和1 764～1 944 bp处存在2个CpG岛，转录因子Spi1/PU.1和SP1在该区域存在结合位点。使用Startbase和TargetScan数据库共筛选到21个与HIGD2A基因3'UTR潜在结合的miRNA，其中ssc-miR-140-5p、ssc-miR-181a和ssc-miR-181b的结合能分别为-19.1、-20.2 kcal/mol和-22.1 kcal/mol。此外，ssc-miR-140-5p与HIGD2A基因在不同海拔藏猪肺组织中存在相反的表达模式。本研究为藏猪适应高原低氧环境作用机制研究提供了理论依据。
关键词： 藏猪 肺组织 低氧适应 HIGD2A基因 生物信息学分析
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长白猪和藏猪在不同日龄、种间的代谢物差异分析
《中国猪业 》 2024
摘要：通过对地方品种猪及外种猪的不同生长阶段代谢组学进行比较研究,以此了解地方品种猪与外种猪代谢组差异与耐粗饲性状的关系。采用UPLC-MS技术对7日龄和30日龄的长白猪和藏猪的粪便样品开展代谢组学研究,分析代谢物的变化情况,筛选差异代谢物的情况。结果显示,长白猪不同日龄代谢物VI P≥1的总共有99种,其中38种代谢物的比例是上升的,另61种代谢物主要存在下降趋势;藏猪不同日龄代谢物VIP≥1的总共有90种,其中31种代谢物的比例是上升的,另59种代谢物存在下降趋势;7日龄的长白猪和藏猪代谢物对比发现VIP≥1的总共有59种,其中29种代谢物的比例主要是上升趋势,另30种是下降趋势;30日龄的长白猪和藏猪代谢物对比VI P≥1的总共有66种,其中32种代谢物的比例是上升的,另34种代谢物存在下降趋势。说明不同种间、日龄代谢物含量存在差异,其中同种不同日龄猪的代谢物差异最多,说明随着年龄的增长猪对粗纤维等粗饲料的消化代谢能力有所差异。通过对代谢通路的分析显示,主要存在差异的代谢通路为Metabolic pathways、ABC transporters,参与差异代谢通路的代谢物主要是有机酸、核苷酸、氨基酸等相关代谢物,说明藏猪和长白猪在耐粗饲的特性上与粗饲料对肠道的影响有一定的关联性。此研究为解释在代谢组学方面藏猪耐粗饲特性提供了一定的理论基础。
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藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测
《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理，筛选相关lncRNA。【方法】采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本，建立特异性猪子宫mRNA文库，利用Illumina PE150 HiSeq平台进行测序，测序结果经过质控、比对与拼接后，筛选出差异表达lncRNA并预测其靶基因，对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取7个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】在藏猪和川乡黑猪子宫体中存在32个共同差异表达lncRNAs,共得到168个靶基因。GO功能分析显示，不同繁殖能力的样本共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集于分子代谢、转录活性调节、细胞增殖调节、子宫体修饰、微量元素代谢等条目中；KEGG通路分析显示，共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在糖酵解过程、卵母细胞分裂、细胞寿命调节、Ras信号通路、RIG-Ⅰ信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、调控稳态过程等。实时荧光定量PCR结果显示，7个差异表达lncRNAs的表达与转录组测序结果一致。【结论】本研究在藏猪和川乡黑猪子宫体中发现了32个可能通过调控潜在靶基因参与母猪妊娠过程的lncRNAs,为进一步研究lncRNA在母猪繁殖过程中的调节机制提供了参考依据。这些lncRNA可作为新的繁殖性状生物标记用于猪的育种过程中。
关键词： 藏猪 川乡黑猪 子宫体 妊娠期 长链非编码RNA(lncRNA)
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藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析
《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex,PRDC)相关病毒的种类和流行情况,本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份,其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场).将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序.经序列分析表明,健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主,动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus.发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒,可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等.使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组.遗传演化分析结果显示,两株PCV-2属于PCV-2d亚型,三株TTSuV均属于k2型,其中SCgz-1属于k2b亚型,SCgz-2和SCgz-3属于k2a亚型.Porprismacovirus毒株与越南的人源Human 16806x66_213毒株聚为单独一分支,而与猪源毒株则遗传距离较远.RDP4重组分析显示,该毒株为人源Human 16806x66_213毒株和猪源Porcine 17668x82_593毒株的重组毒株,该重组方式在国际上未见报道.本研究首次对川西高原地区藏猪的呼吸道相关病毒开展调查研究,发现藏猪呼吸道疾病相关病毒种类繁多,并存在不同家畜间、人和家畜间跨种传播的可能,应予以更多关注.同时,本研究也为藏猪呼吸道疾病的防控提供参考.
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