藏猪呼吸道疾病临床样本中病毒的宏基因组学分析

范燕迪; 杨丹娇; 叶忠明; 张敏; 蓝岚; 王靖皓; 周菡; 康润敏; 于吉锋; 张志东; 李彦敏; 周泷; 《畜牧兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：为了解我国川西高原地区藏猪呼吸道疾病综合征(porcine respiratory disease complex,PRDC)相关病毒的种类和流行情况,本研究从四川省甘孜藏族自治州地区采集藏猪呼吸道样本共计119份,其中健康藏猪鼻拭子66份(来自6个猪场),PRDC明显症状的藏猪鼻拭子、肺组织及肺泡灌洗液53份(11个猪场).将健康组和发病组样本制成两个pool样提取总核酸反转录成cDNA,建库后使用Illunima novaseq测序.经序列分析表明,健康藏猪呼吸道样品主要以细菌噬菌体为主,动物相关病毒仅检测到疱疹病毒科(Herpesviridae)的mardivirus.发病组样本的病毒种群包括14个病毒科的16种病毒,可引起PRDC的病毒有猪圆环病毒2型(PCV-2)、细环病毒(TTSuV)、猪细胞巨化病毒(PCMV)和非洲猪瘟病毒(ASFV)等.使用SOAPdenovo软件组装出两株PCV-2,三株TTSuV和一株Porprismacovirus的全基因组.遗传演化分析结果显示,两株PCV-2属于PCV-2d亚型,三株TTSuV均属于k2型,其中SCgz-1属于k2b亚型,SCgz-2和SCgz-3属于k2a亚型.Porprismacovirus毒株与越南的人源Human 16806x66_213毒株聚为单独一分支,而与猪源毒株则遗传距离较远.RDP4重组分析显示,该毒株为人源Human 16806x66_213毒株和猪源Porcine 17668x82_593毒株的重组毒株,该重组方式在国际上未见报道.本研究首次对川西高原地区藏猪的呼吸道相关病毒开展调查研究,发现藏猪呼吸道疾病相关病毒种类繁多,并存在不同家畜间、人和家畜间跨种传播的可能,应予以更多关注.同时,本研究也为藏猪呼吸道疾病的防控提供参考.

关键词： 藏猪 呼吸道疾病综合征 病毒宏基因组 重组分析