藏猪、川乡黑猪妊娠期子宫体繁殖功能相关lncRNA鉴定和功能预测

王秋实; 李江凌; 赵素君; 刘锐; 《中国畜牧兽医 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：【目的】探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)在藏猪、川乡黑猪繁殖过程中的调控机理，筛选相关lncRNA。【方法】采集具有不同产仔数的藏猪和川乡黑猪妊娠期的子宫体组织作为样本，建立特异性猪子宫mRNA文库，利用Illumina PE150 HiSeq平台进行测序，测序结果经过质控、比对与拼接后，筛选出差异表达lncRNA并预测其靶基因，对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。随机选取7个差异表达lncRNAs进行实时荧光定量PCR验证。【结果】在藏猪和川乡黑猪子宫体中存在32个共同差异表达lncRNAs,共得到168个靶基因。GO功能分析显示，不同繁殖能力的样本共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集于分子代谢、转录活性调节、细胞增殖调节、子宫体修饰、微量元素代谢等条目中；KEGG通路分析显示，共同差异表达lncRNA的靶基因主要富集在糖酵解过程、卵母细胞分裂、细胞寿命调节、Ras信号通路、RIG-Ⅰ信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、调控稳态过程等。实时荧光定量PCR结果显示，7个差异表达lncRNAs的表达与转录组测序结果一致。【结论】本研究在藏猪和川乡黑猪子宫体中发现了32个可能通过调控潜在靶基因参与母猪妊娠过程的lncRNAs,为进一步研究lncRNA在母猪繁殖过程中的调节机制提供了参考依据。这些lncRNA可作为新的繁殖性状生物标记用于猪的育种过程中。

关键词： 藏猪 川乡黑猪 子宫体 妊娠期 长链非编码RNA(lncRNA)