四川麻兔背最长肌DNA甲基化和转录组联合分析

李钰莹; 邝良德; 郑洁; 李丛艳; 郭志强; 雷岷; 谢晓红; 《中国畜牧杂志 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：本试验旨在研究四川麻兔背最长肌不同发育阶段的甲基化水平和基因表达差异，筛选调控肌肉生长发育的甲基化差异基因。选取胚胎期24 d、出生0、35 d和84 d的四川麻兔背最长肌，开展MethyRad甲基化测序和转录组测序，筛选差异甲基化区域和差异表达基因。结果表明：四川麻兔从胚胎期24 d至出生后84 d，共有85个基因表达量显著变化，其中29个基因表达量持续下调，16个基因持续上调，19个基因先上调35 d后下调。四川麻兔背最长肌DNA甲基化主要发生在CG序列上，在CG序列环境下，启动子和第1外显子区域的甲基化水平低于基因其他区域，胚胎期24 d至出生0 d、0 d至35 d、35 d至84 d在CG序列环境下的共有差异甲基化区域（DMRs）为954个，CWG序列环境下共有的DMRs为209个，胚胎期24 d至出生后84 d DMRs逐渐减少；0d和35d阶段，筛选到高甲基化低表达基因有5个，低甲基化高表达基因有9个，其中ACADL、ACSM5和TMEM209等基因可能为影响四川麻兔肌肉生长发育的重要基因。

关键词： 四川麻兔 转录组 背最长肌 甲基化