科研产出
猪流行性腹泻病毒CH/SCJY/2022株的分离鉴定及遗传进化分析
《黑龙江畜牧兽医 》 2024 北大核心
摘要：2022年四川省简阳地区某规模化猪场仔猪发生严重腹泻甚至死亡，疑似猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV）感染。为确定病原并了解其遗传进化特征，试验无菌采集病死腹泻仔猪小肠组织样本，提取RNA后采用RT-PCR方法对病原进行检测，并对病毒进行分离和半数组织培养感染剂量(TCID50)测定、间接免疫荧光试验、全基因组测序和遗传进化分析。结果表明：腹泻仔猪小肠组织样本为PEDV阳性，小肠组织过滤上清液接种Vero细胞盲传至第3代出现致细胞病变效应（cytopathic effect, CPE）,盲传至第9代时出现稳定的CPE,第9代病毒液的TCID50为1×10-5.2/0.1 mL;在以鼠源抗PEDV-S蛋白单克隆抗体为一抗、FITC标记的羊抗鼠IgG为二抗的间接免疫荧光试验中，接种分离毒株的Vero细胞呈现特异性绿色荧光，未接种分离毒株的Vero细胞无特异性绿色荧光。将分离毒株命名为CH/SCJY/2022。经PCR分段扩增、测序、拼接后得到CH/SCJY/2022株全基因组序列，大小为28 038 bp。CH/SCJY/2022株S基因、ORF3基因、M基因、N基因与参考毒株（CV777、AJ1102、LW/L、virulent DR13、LZC）核苷酸相似性分别为93.11%～97.71%、95.41%～98.37%、96.62%～98.09%、94.72%～96.38%。CH/SCJY/2022株全基因组序列与30株PEDV参考毒株核苷酸相似性为96.0%～98.9%,其中与强毒变异株YC2014的相似性最高（98.9%）,与韩国毒株SM98的相似性最低（96.0%）,与疫苗毒株CV777、AJ1102的相似性分别为96.4%和98.3%。基于全基因组序列构建的遗传进化树中可见CH/SCJY/2022株与CH/SCZY103/2017位于同一小分支，亲缘关系最近，属于GⅡb基因亚群；与疫苗毒株LW/L、AJ1102、XJ-DB2、CV777、attenuated DR13的亲缘关系较远。与参考毒株（attenuated DR13、LW/L、CV777、AJ1102、XJ-DB2）相比，CH/SCJY/2022株S蛋白氨基酸序列存在6处特有的氨基酸位点突变，分别为N139D、I289M、R492K、F541L、L1000M、S1080L。说明试验成功从该养猪场腹泻仔猪小肠组织样本中分离鉴定到1株PEDV GⅡb亚群变异株，并获得了该毒株的全基因组序列，具有独特的分子特征。
关键词： 猪流行性腹泻病毒 全基因组测序 同源性分析 遗传进化分析 分离 鉴定
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鸡源大肠杆菌M1株的分离鉴定及遗传进化分析
《四川畜牧兽医 》 2021
摘要：从鸡腹泻病例中分离到一株M1菌,为探明其生物学特性,利用传统细菌鉴定与16S rDNA、atpD基因序列分析进行鉴定与遗传进化分析。将M1菌纯化培养后进行菌落形态观察、生理生化试验;设计16S rDNA和atpD基因引物,反转录收集PCR产物并测序,利用DNAStar和MEGA6进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果得出:M1菌在镜下为革兰氏阴性短杆菌或球菌;生理生化试验显示其可发酵多种糖类,产酸产气,运动性试验呈阳性;吲哚（I）、甲基红（M）和触酶试验呈阳性;VP（V）试验、枸橼酸盐（C）利用试验、产硫化氢（H2S）试验和尿素酶试验呈阴性。16S rDNA与atpD基因同源性分析表明M1菌与大肠杆菌的同源率在99%以上。综合细菌鉴定、生理生化结果、16S rDNA和atpD基因序列分析,判定M1菌株为大肠杆菌种。
关键词： 大肠杆菌 鉴定 16S rDNA atpD 同源性分析
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