科研产出
苏云金芽孢杆菌杀虫晶体蛋白基因cry1A的克隆及生物信息学分析
《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：以分离的3株苏云金芽孢杆菌质粒为模板,通过设计一对特异引物,PCR扩增得到3条全长3.6 kb的基因序列,其各自都包含一个完整的开放阅读框,编码序列全长分别是3468、3450、2697 bp(Genebank登录号分别为GQ385073,GQ385074,GQ385075);它们与cry1A类基因同源性都高达95%以上;分别编码1159、1150和902个氨基酸。并在此基础上采用生物信息学方法对这3个基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域以及功能域等方面进行了预测和分析。为转基因抗虫植物和微生物杀虫工程菌的构建提供了基因来源。
苏云金芽孢杆菌kurstaki亚种几丁质内切酶基因的生物信息学分析
《江苏农业学报 》 2008 北大核心 CSCD
摘要：以苏云金芽孢杆菌库斯塔克亚种(Bacillus thuringiensissubspkurstaki)基因组DNA为模板,利用1对特异性引物通过Touchdown PCR方法扩增了长为2 576 bp的几丁质酶kchi基因序列(GenBank登录号:AY189740)。生物信息学分析发现:该序列包含1个完整的开放阅读框,编码688个氨基酸,推测是分子量约为75 820。等电点pI=5.89的几丁质酶前体。序列和结构比较分析结果表明:Kchi属于几丁质内切酶,包括几丁质酶催化区、粘蛋白Ⅲ型同源区和几丁质结合区3个结构域,在N端还有1个分泌信号肽。除与Bt巴基斯坦亚种几丁质酶同源性较低(相似性为61.3%)外,与Bt其他亚种的同源性都较高(≥92.0%)。
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