科研产出
基于Illumina Miseq高通量测序技术探究藏茶发酵过程中微生物菌群变化
《茶叶通讯 》 2023
摘要：应用Illumina Miseq高通量测序技术，研究藏茶毛茶（MC）、发酵阶段（S1～S5）及成品茶（S6）中的微生物的多样性与群落结构，并从成品茶（S7）中分离纯化出三株优势曲霉进行鉴定。结果表明，在S1～S5阶段，真菌丰度和多样性先降低后增加，而细菌丰度和多样性先增加后减少；β多样性分析表明，S1～S5阶段藏茶中微生物组成趋于相近，而毛茶与成品茶均与S1～S5阶段有明显区分。优势真菌为子囊菌门曲霉属，经分离纯化鉴定为冠突曲霉、泡盛曲霉和米曲霉；细菌以变形杆菌、厚壁菌、放线菌和拟杆菌为优势菌，发酵全过程无稳定的优势细菌。
关键词： 藏茶 渥堆发酵 Illumina MiSeq技术 微生物多样性 曲霉属
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真菌而非细菌多样性驱动半干旱地区葡萄园的生态系统多功能性
《农业工程技术 》 2022
摘要：多种生态系统功能和服务(即生态系统多功能性)的存在已被证明是由自然陆地生态系统中的生物多样性所维持.然而,微生物多样性驱动葡萄园生态系统功能的机制以及生态系统功能对葡萄酒品质的影响还不清楚.该研究选择来自宁夏石嘴山、银川、玉泉营、青铜峡和红寺堡五个葡萄酒小产区的15个酿酒葡萄园,以评估其土壤微生物群落结构、生态系统多功能性和葡萄酒品质.总体而言,五个葡萄酒小产区的葡萄园在各项指标上均存在差异.高通量测序结果显示各试验葡萄园土壤的细菌和真菌群落不同.细菌群落以放线菌、变形菌、绿弯曲菌和酸杆菌为主.真菌群落主要为子囊菌门,其次是担子菌门和被孢霉门.此外,真菌香农多样性指数而非细菌香农多样性指数与生态系统多功能性呈正相关.相关分析表明,生态系统多功能性与葡萄酒的酸度呈正相关,与pH值和残糖含量呈负相关.土壤化学功能与葡萄酒品质的关系与生态系统多功能性相似,即与葡萄酒酸度呈正相关,但与pH值和残糖含量呈负相关.然而,土壤物理功能与葡萄酒酒精度和花色苷含量呈负相关.该研究结果表明,葡萄园的葡萄酒质量与由土壤真菌多样性所维持的生态系统功能密切相关.
关键词： 微生物多样性 多功能性 风土 葡萄酒品质 葡萄酒小产区
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4种周年轮作模式对耕作层土壤微生物的影响
《中国农学通报 》 2022 CSCD
摘要：为明确不同轮作模式下耕作层土壤微生物群落的变化,揭示水旱轮作有益于蔬菜可持续生产的潜在机理.本文设计4种常见的轮作模式,在同一地理区域固定试验田块进行长期轮作试验,并利用高通量测序技术测定土壤中真菌的ITS1区域序列和细菌的16SrDNA的V3-V4可变区序列,进行土壤微生物多样性分析.结果表明:Alpha多样性分析表明,在4种周年轮作模式下,耕作层土壤真菌群落多样性发生了显著变化,水旱轮作模式(SH)的Shannon指数显著高于嫁接模式(JJ)和蔬菜轮作LZ模式(LZ)的,而与蔬菜轮作LD模式(LD)的无显著差异.耕作层土壤细菌群落多样性和丰富度均发生显著变化,SH模式的Shannon指数和ACE指数均显著高于LD模式的,且SH模式的Shannon指数显著高于其他模式的.主坐标分析表明,4种周年轮作模式间,耕作层土壤微生物群落发生显著分化,SH模式和LZ模式均各自成组,JJ模式与LD模式聚为一组.组间物种差异显著性分析表明,SH模式有7个属真菌和26个属细菌的丰富度显著高于其他模式的,LD和LZ模式分别有4个属真菌和7个属细菌的丰富度显著高于其他模式的,JJ模式只有1个属细菌的丰富度显著高于其他模式的.不同轮作模式长期周年轮作下耕作层土壤微生物群落发生了显著变化.长期水旱轮作提高了土壤微生物群落多样性,增加了有益菌种类和相对丰度,更有利于蔬菜可持续生产.
关键词： 水旱轮作 微生物多样性 高通量测序 黄瓜 枯萎病 镰刀菌
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土壤细菌群落对湿热灭菌蚕沙还田的响应
《西南农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】本文旨在揭示无外源微生物干扰下,土壤微生物群落对蚕沙中养分物质的利用状况,探索蚕沙无害化还田后的生态效应。【方法】通过向土壤中添加湿热灭菌蚕沙的方式来模拟无害蚕沙还田,并采用高通量测序技术测定土壤细菌群落结构及多样性,以揭示土壤微生物对于湿热灭菌蚕沙还田的快速响应状况。【结果】湿热灭菌蚕沙还田对土壤细菌结构无显著的影响(P> 0. 05),但减少了土壤细菌的种类,其Chao I指数、Shannon多样性指数和Simpson多样性指数显著降低(P <0. 05)。较对照而言,与纤维素降解相关的厚壁菌门、放线菌门和变形菌门细菌的相对丰度在湿热灭菌蚕沙还田条件下会显著增加,特别是一些链霉菌属、芽孢杆菌目、梭菌科、毛螺菌科、短波单胞杆菌属、固氮螺旋菌属和假黄单胞菌属的细菌类群。【结论】土壤细菌群落的结构和功能相对稳定,湿热灭菌蚕沙还田会快速激活与纤维素代谢相关的细菌类群,并通过增加相对丰度的方式促进土壤自我修复。
关键词： 蚕沙 高通量测序 群落结构 群落结构 微生物多样性 纤维素降解
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川西北高寒牧区不同人工草地对土壤微生物多样性影响
《草业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为阐明人工种植牧草对川西北高寒草地生态系统土壤微生物群落结构和组成的影响,以川西北高寒牧区紫花苜蓿人工草地(Group 1)、燕麦人工草地(Group 2)以及天然草地(Group 3)土壤为对象,采用Illumina Hiseq测序平台对3个草地类型土壤细菌的16S rDNA和真菌的内转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)基因进行序列测定,分析了各样本土壤微生物群落的组成和结构特征。结果表明:1)3种草地植被类型中土壤细菌群落丰富度和多样性无明显差异,真菌群落丰富度亦无显著差异,仅紫花苜蓿人工草地真菌群落多样性程度较燕麦人工草地和天然草地土壤高。2)所测土壤样本主要优势细菌类群为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)等,人工草地土壤中酸杆菌门丰度显著低于天然草地土壤(P<0.05),放线菌门丰度显著高于天然草地土壤(P<0.05)。主要优势细菌纲为Spartobacteria纲、α-变形菌纲(α-proteobacteria)、β-变形杆菌纲(β-proteobacteria)、Thermoleophilia纲、酸杆菌纲(Acidobacteria)和放线菌纲(Actinobacteria)等,人工草地与天然草地土壤中多种优势细菌纲相对丰度存在显著性差异(P<0.05)。3)3种草地植被类型土壤优势真菌门是子囊菌门(Ascomycota)、接合菌门(Zygomycota)、担子菌门(Basidiomycota);优势真菌纲有接合菌纲(Zygomycotes)、粪壳菌纲(Sordariomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)、锤舌菌纲(Leotiomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)等,并且各区组间多种优势真菌纲相对丰度差异明显。4)β-多样性结果显示3种草地植被类型土壤细菌和真菌结构均差异明显,且天然草地与人工草地之间的土壤微生物差异系数大于两种人工草地之间的土壤微生物差异系数;聚类分析显示人工种植牧草显著提高了土壤中生防菌类群的相对丰度,同时,土壤中病原真菌的丰度较天然草地土壤也大幅增加。
关键词： 川西北高寒牧区 人工草地 高通量测序 微生物多样性
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浓香型白酒发酵黄水中微生物群落结构解析
《食品与生物技术学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：运用传统培养和构建SSU r RNA文库的方法探索发酵黄水中微生物多样性。所获得的151个细菌克隆子分别归为变形菌门、柔膜菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、黏胶球形菌门及放线菌门等6个门以及一个未分类类群,其中厚壁菌门(47.6%)、变形菌门(29.1%)为主要类群。在种属分类水平上,梭菌属(25.8%)、乳酸菌属(15.9%)和沙雷氏菌属(14.6%)为优势菌群。随机选择的37株古菌克隆子均属于广古菌门、甲烷微菌纲,其中以A13为代表甲烷八叠球菌属古细菌(59.5%)及以A8为代表的产甲烷囊菌属(35.1%)占古菌数量的绝大多数。细菌和古菌克隆文库的多样性指数(香浓指数H)分别为2.75和0.83、优势度指数12.88和2.14、盖度指数99.9%和100%。物种鉴定结果显示,黄水中多数微生物为功能性微生物,在营养物质代谢、酸、醇、酯、醛、酮等功能成分合成方面发挥着重要作用,是浓香型白酒香味物质的来源与基础之一。
关键词： 浓香型白酒 黄水 微生物多样性 SSU rRNA,克隆文库
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