科研产出
基于高通量测序分析辣椒/玉米套作对辣椒根际土壤细菌多样性的影响
《西南农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]从微生物角度揭示辣椒/玉米套作模式的优越性,为此模式的大力推广及高效栽培提供基础理论依据.[方法]利用Illumina高通量测序技术,分析辣椒/玉米套作、辣椒净作2个试验处理情况下,辣椒根际土壤细菌多样性及群落组成结构.[结果]辣椒/玉米套作后,辣椒根际土壤细菌的Chao1、Ace、Shannon指数均有所增加,增幅为3.07%~7.53%;2个处理在门、纲、目、科、属水平上排名前10的优势细菌种类相同,最大优势菌门均为变形菌门,占土壤细菌总量的88%以上,但各细菌数量发生变化,细菌群落组成结构发生变化;套作后辣椒根际土壤细菌富集并达到组间显著性差异的微生物种类有56种,主要有亚硝化单胞菌科(从目到科)、硝化螺旋菌属(从门到属)、Ignavibacteriaceae(从门到科)、丰佑菌属(从纲到属);辣椒净作仅10种,主要为脱铁杆菌科(从门到科).[结论]辣椒玉米套作后,辣椒根际土壤细菌丰富度和多样性增加,富集并达到组间显著性差异的微生物种类明显增多,其中与氮素循环有关的亚硝化单胞菌科(从目到科)和硝化螺旋菌属(从门到属)显著增加,土壤微生物优势明显.
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盐渍藠头盐水细菌多样性及基因功能预测分析
《中国酿造 》 2020
摘要：采用Mi Seq高通量测序技术对来凤地区盐渍藠头盐水细菌多样性进行解析,并采用PICRUSt技术对其基因功能进行预测.结果表明,99.58%的基因序列长度为425~451 bp,基本覆盖16S r RNA V3-V4区序列;优势细菌门为硬壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(Actinobacteria),平均相对含量分别为43.94%、33.12%和18.21%;优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)和嗜热油菌属(Thermoleophilum),平均相对含量分别为30.28%、18.21%和16.13%;共有219个核心操作分类单元(OTU),包含的序列数占总序列数的75.56%;盐渍藠头盐水中可能共有大量具有较强氨基酸转运和代谢功能的细菌类群.
关键词： 藠头 高通量测序 细菌多样性 乳酸菌 基因功能预测
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恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究
《中国酿造 》 2019 北大核心
摘要：以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。
关键词： 泡辣椒 MiSeq高通量测序 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术 细菌多样性
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高通量测序分析红棕紫泥土土壤细菌多样性
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过研究四川盆地丘陵区红棕紫泥土壤细菌群落结构,从而了解区域土壤健康状况、发挥土壤潜在肥力和提升区域农林产品质量。【方法】本文以四川资阳土壤保护站坡耕地的红棕紫泥土为研究对象,利用16S扩增子高通量测序技术获取其土壤细菌群落结构特征。【结果】检测到的土壤细菌种类占所有分类物种的11.39%,Chao指数和Simpson多样性指数分别为2738.54种和0.99。所有样品中都检测到序列分属于25个细菌的大类,且以变形菌门细菌为第一优势菌群,其下β-变形菌纲、γ-变形菌纲、α-变形菌纲和δ-变形菌纲细菌的相对丰度分别为17.29%、13.16%、11.92%和6.86%。其次,酸杆菌门和拟杆菌门细菌为第二优势菌群,其相对丰度分别为11.55%和10.87%。【结论】红棕紫泥土土壤细菌种类复杂、多样,且优势类群明显。
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应用LH-PCR研究党参、麻黄和独一味内生细菌多样性
《应用生态学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：通过直接提取药用植物样品的总DNA,采用长度多态片段PCR(length heterogeneity PCR,LH-PCR)技术研究四川省甘孜藏族自治州的党参、麻黄和独一味3种药用植物内生细菌多样性.结果表明:同种植物根、茎、叶的LH-PCR图谱相似度很高,条带丰富度差别不大;但不同植物样品之间的差异较大.党参的植物样品条带丰富度最大,麻黄次之,独一味最低.3种药用植物中474 bp长度的细菌是绝对的优势菌群.植物内生细菌多样性与土壤速效磷呈负相关,而与土壤pH值呈正相关.海拔和土壤总氮是影响植物样品内生细菌多样性分布的两个重要环境因子.LH-PCR所得的种群信息能较直观地反映不同植物样品间细菌多样性的差异.因此LH-PCR适用于分析药用植物内生菌多样性.
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四川甘孜州折多山与雀儿山地区土壤细菌的研究
《西南农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：采用稀释平板涂抹法,对甘孜州折多山和雀儿山土壤中的细菌数量和物种多样性进行了研究,并初步分析了细菌数量与10种生态因子间的相关性。结果表明,折多山和雀儿山土壤细菌数量较为丰富,其主要分布的优势类群为芽孢杆菌(Bacillus spp.),常见类群为纤维单胞菌(Cellulomonas spp.)、脂肪杆菌(Plimelobacter spp.)、葡萄球菌(Staphylococcus spp.)和土壤单孢菌(Agromonas spp.);土壤细菌总数达5.69×106±4.94×106cfu.g-1干土,总体上较高,其分布存在差异:砂质壤土大于粘壤土和壤土,草地多于林地。在这两个区域中土壤细菌数量与土壤含水量、pH、有机质、碱解氮都呈现正相关,与土壤含水量呈极显著相关,相关性数达0.596。
关键词： 四川甘孜州 折多山与雀儿山 土壤细菌 细菌多样性 生态因子
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