甘蓝型油菜核心SSR引物筛选及指纹图谱构建

王丽容; 何巧林; 张浙峰; 张新明; 堵苑苑; 余毅; 《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD

摘要：为筛选一组适合甘蓝型油菜DNA指纹鉴定的核心SSR引物,进而构建甘蓝型油菜品种的SSR指纹图谱库,本研究采用6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术和毛细管电泳技术,对952对甘蓝型油菜SSR引物进行筛选。采用入选的核心引物,以等位变异大小形式,构建184份甘蓝型油菜品种的指纹图谱,并对影响等位变异大小的因素进行分析。综合考虑引物多态性信息含量(PIC)、条带清晰度、重复性及染色体分布,确定47对核心引物。结果表明,47对引物检测到51个位点,平均每条染色体2.6个,PIC值介于0.2314~0.9253,平均为0.6004。等位变异大小影响因素分析结果表明,荧光基团(6-FAM、HEX、ROX和TAMRA)对等位变异的影响介于0~5 bp,不同型号DNA分析仪的系统误差介于1~4 bp。本研究筛选的核心引物多态性丰富,可用于甘蓝型油菜品种鉴定及指纹图谱构建,不同批次样品指纹图谱的整合可采用参考品种DNA进行校正。

关键词： 甘蓝型油菜 简单重复序列 核心引物 指纹图谱