川芎基因组survey测序及其特征分析

毛常清; 沙秀芬; 黄静; 陶珊; 彭芳; 李群; 张超; 袁灿; 《中草药 》 2023 北大核心 CSCD

摘要：目的 利用流式细胞术和高通量测序技术，对川芎Ligusticum chuanxiong基因组大小和特征进行分析，为川芎全基因组精细测序和分子机制研究奠定基础。方法 以已知基因组大小的绿豆和陆地棉作为内标植物，用流式细胞术估算川芎基因组大小。利用高通量测序技术对川芎基因组进行survey分析，测算出川芎基因组大小、重复序列、杂合率和GC含量等，利用生物信息学对基因组进行预测、注释和基因家族鉴定。结果 估算出川芎基因组大小约为3058.37Mb，重复序列为79.79%，杂合率约2.16%,GC含量为36.32%，川芎基因组呈现高重复、高杂合、基因组庞大等特征。共预测到34864个基因，有30 737个基因在功能数据库中被注释，有53个基因注释到阿魏酸合成过程中。初步鉴定到2058个特异基因家族，2001个单拷贝基因。结论 初步获得了川芎基因组大小、基因组特征、功能基因及基因家族等信息，为进一步川芎全基因组精细测序提供了参考，为阐明川芎阿魏酸等药效成分生物合成提供了基因资源。

关键词： 川芎 流式细胞术 高通量测序技术 survery分析 基因组大小 基因组特征