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高原作物青稞根及根际内生细菌群落结构的高通量分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王波 1 ; 薛蓓 2 ; 王强锋 3 ; 侯磊 2 ;

作者机构： 1.西藏自治区农牧科学院农业研究所

2.西藏农牧学院

3.四川省农业科学院生物技术核技术研究所

关键词： 青稞;根;根际;内生细菌;种类;丰度

期刊名称： 作物杂志

ISSN： 1001-7283

年卷期： 2016 年 06 期

页码： 49-52

收录情况： 北大核心

摘要： 利用高通量测序技术分析了西藏青稞主栽品种藏青2000根及根际内生细菌的16S V4变异区序列,同时应用Uparse RON、KA等软件整理和统计样品序列数和操作分类单元(OTU)数,分析物种丰度及Alpaha多样性等指标。获得的用于分析青稞根部内生细菌的有效序列和OTUs为55 192/3 613,用于分析青稞根际土壤内生细菌的有效序列和OTUs为62 181/4 399;根部及根际土壤Chao1指数分别为3 443.4290和4 632.5820,shannon多样性指数分别为8.542和9.967。在门水平对代表性OTU进行注释发现,青稞根及根际土壤内生细菌主要是变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)。在属水平上主要是假单胞菌属(Pseudomonas)、链霉菌属(Streptomyces)、土地杆菌属(Pedobacter)、黄杆菌属(Flavobacterium)、红游动菌属(Rhodoplanes)。结果显示,青稞根及根际内生细菌具有丰富的多样性,且二者的优势菌属一致。

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