水稻航天诱变突变体全基因组测序研究

蒲志刚; 王平; 向跃武; 蔡平钟; 张志雄; 《西南农业学报 》 2014 北大核心 CSCD

摘要：将航天诱变突变体和野生型水稻材料进行全基因组测定,以已经完成全基因组测定的籼型水稻9311基因组序列为对照,利用SOAPsnp、SOAPindel和SOAPsv软件对序列进行SNP、InDel和SV等分析。结果发现野生型中出现SNPs 348966个,插入缺失片段(1~5 bp)62 298个,结构变异9962个;突变体材料中出现SNPs 452173个,插入缺失片段(1~5 bp)66 977个,结构变异10336个。分析表明航天诱变因子对水稻基因组的诱变作用基本上平均分布,它与各对染色体的大小呈正相关。突变体中发生的诱变类型是SNPs>InDel>SV,表明航天诱变因子对水稻基因组中单碱基的改变为主要因素。本研究为探索航天诱变规律和更全面利用突变体资源奠定基础,为水稻功能基因研究和杂交水稻新资源的利用作出贡献。

关键词： 突变体 野生型 全基因组测定 SNP InDel SV