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资源类型: 中文期刊
关键词:16SrDNA(模糊匹配)
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鸡源大肠杆菌M1株的分离鉴定及遗传进化分析

四川畜牧兽医 2021

摘要:从鸡腹泻病例中分离到一株M1菌,为探明其生物学特性,利用传统细菌鉴定与16S rDNA、atpD基因序列分析进行鉴定与遗传进化分析。将M1菌纯化培养后进行菌落形态观察、生理生化试验;设计16S rDNA和atpD基因引物,反转录收集PCR产物并测序,利用DNAStar和MEGA6进行同源性比对分析,并构建系统进化树。结果得出:M1菌在镜下为革兰氏阴性短杆菌或球菌;生理生化试验显示其可发酵多种糖类,产酸产气,运动性试验呈阳性;吲哚(I)、甲基红(M)和触酶试验呈阳性;VP(V)试验、枸橼酸盐(C)利用试验、产硫化氢(H2S)试验和尿素酶试验呈阴性。16S rDNA与atpD基因同源性分析表明M1菌与大肠杆菌的同源率在99%以上。综合细菌鉴定、生理生化结果、16S rDNA和atpD基因序列分析,判定M1菌株为大肠杆菌种。

关键词: 大肠杆菌 鉴定 16S rDNA atpD 同源性分析

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保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析

食品工业科技 2019 北大核心 CSCD

摘要:本文通过对细菌16S rDNA V4区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR法(FQ-PCR)研究35℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性.研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定.鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属.发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显.在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等.发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等.

关键词: 16S rDNA 鱼露 保温发酵 细菌群落 乳酸菌

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MALDI-TOF MS与16SrDNA方法对肠杆菌科微生物鉴定比较分析

质谱学报 2018 EI 北大核心 CSCD

摘要:为了研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)法鉴定肠杆菌科微生物及其对微生物系统分类学相关分析的准确性,采用MALDI-TOF MS对金桔表面分离的10种肠杆菌科微生物进行蛋白质图谱收集,通过比对图谱特征峰实现微生物的鉴定与系统进化学分析;同时对10种微生物进行16SrDNA提取与测序,得到分子生物化学水平鉴定,并采用邻近连接法对16SrDNA序列做系统进化树分析。结果表明:MALDI-TOF MS与16SrDNA测序对10种肠杆菌科微生物鉴定结果中,克雷伯菌属2株菌鉴定种级有偏差,其他8种一致;MALDI-TOF MS与16SrDNA测得的数据都可计算微生物相关性,从而得到微生物系统发育树,两株系统发育树中同属级微生物归类的亲缘位置与方向一致,但不同属肠杆菌科微生物的亲缘距离与位置差异较大。MALDI-TOF MS法鉴定农产品表面微生物具有快速、准确的特点,但准确建立系统发育相关性还需要扩大数据库和优化算法。

关键词: 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS) 16SrDNA 肠杆菌科微生物 系统进化

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利用MALDI-TOF MS鉴定芽苗菜中解鸟氨酸拉乌尔菌和肺炎克雷伯菌的研究

分析测试学报 2018 北大核心 CSCD

摘要:应用基质解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)方法对芽苗菜中检出率较高的2种微生物进行鉴定,结果为解鸟氨酸拉乌尔菌(33.3%)和肺炎克雷伯菌(43.5%)。应用SARAMIS Premium软件对这2种微生物的蛋白质图谱进行分析,获得解鸟氨酸拉乌尔菌特征标识峰16组,肺炎克雷伯菌特征标识峰10组;对分离微生物进行全标识峰和加权特征峰相关性分析,结果表明特征峰的加权会影响微生物鉴定结果间的相关关系,增强微生物的辨识度;对两种微生物进行多方面比较,发现两种微生物生化特性比较接近,但16Sr DNA分辨率较高,质谱相关分析虽有相交但可辨识。实验结果表明MALDI-TOF MS具有检测芽苗菜中微生物的能力并在其特征分析及溯源研究上具有一定的优势,MALDI-TOF MS为开放平台,对农产品微生物蛋白质特征图谱的收集与优化可提高其鉴定准确性。

关键词: 基质解析电离飞行时间质谱 芽苗菜 肺炎克雷伯菌 解鸟氨酸拉乌尔菌 特征峰 16Sr DNA

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昆虫病原线虫异小杆属新种Heterorhabditis beicherriana共生菌的分离及致病性

中国生物防治学报 2018 北大核心 CSCD

摘要:昆虫病原线虫共生菌在农业及医药领域已成为一种重要的生物活性资源。本研究通过致死的昆虫血腔和侵染期线虫直接分离线虫Heterorhabditis beicherriana的共生细菌,根据形态学特征、生理生化特性及16S rDNA序列初步鉴定为Photorhabdus luminescens,系统发育分析显示为发光杆菌属新亚种菌株。采用共生菌细菌体稀释液注射接种进行致病性测定,结果显示,每头大蜡螟幼虫接种菌量为600 cfu/mL,72 h时死亡率达到100%;24 h时LC_(50)为213.13 cfu/mL,48 h时LC50为46.87 cfu/mL。这为研究该线虫H.beicherriana的致病机制奠定基础,以期发掘新的具有重要价值的活性资源。

关键词: 异小杆属线虫 共生细菌 形态学特征 16S rDNA 致病性

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鸡蛋溶血巴斯德菌药敏试验及氨基酸代谢研究

西南农业学报 2017 北大核心 CSCD

摘要:【目的】探讨鸡蛋中溶血性微生物进来源及生物安全性。【方法】采用特异性培养基在鸡蛋中分离一株溶血性微生物,对其进行生化鉴定、16Sr DNA进行测序并聚类分析,采用7类9种抗生素抗性试验对溶血微生物进行药敏试验,对其进行发酵底物蛋白质和游离氨基酸研究。【结果】生化鉴定与16r DNA鉴定分离的溶血性微生为溶血巴斯德菌,药敏试验结果表明氨基糖苷类抗生素对此菌有一定的抑制作用,但青霉素钠、罗红霉素和喹诺酮类抗生素环丙沙星对此菌无抑制效果,底物发酵实验结果为溶血巴斯德菌的代谢对蛋白质总量影响不大,但可升高发酵培养基中部分游离氨基酸的含量。【结论】鸡蛋中存在非常见致病微生物的污染,并且部分抗生素对致病微生物已无抑制作用,鸡蛋中的微生物可以改变底物结构,相关部门应加强对新鲜鸡蛋微生物污染的控制,关注罕见致病菌及条件致病菌引起的危害。

关键词: 溶血巴斯德菌 16Sr DNA 药敏试验 氨基酸及蛋白质代谢

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不同品种桑树根际土壤细菌群落及土壤理化性质的研究

蚕业科学 2017 北大核心 CSCD

摘要:桑树与土壤的物质交换发生在根际土层,研究不同品种桑树根际土壤的细菌群落,对了解不同品种桑树的根系生理活动差异,确定有利于桑树生长发育的土壤细菌群落生态系统有重要意义。对采集的不同品种桑树根际土壤细菌的16S r DNA部分序列进行PCR,根据扩增产物的变性梯度凝胶电泳(DGGE)图谱计算Shannon-Weaver多样性指数(H)、丰富度(S)和均匀度(E),并结合土壤理化性质,对20个桑品种的桑树根际土壤细菌群落的多样性进行分析。在一定范围内,各桑品种的桑树根际土壤细菌群落多样性指数与含水率和速效钾含量呈负相关,而与p H值及碱解氮、速效磷、有机质和全氮含量呈正相关,说明不同品种桑树根系的生理活动影响到根际土壤的理化性质;不同品种桑树根际土壤中存在共有的细菌,根际土壤细菌16S r DNA扩增产物的DGGE图谱呈现13个优势条带,其中4个条带属于γ-变形菌纲,有4个条带属于拟杆菌门,占条带总数的57.14%,为桑树根际土壤中的优势菌群;20个桑品种的桑树根际土壤样品细菌群落的Shannon-Weaver指数,以实钴11-6最高,桐乡青最低,说明不同品种桑树的根际土壤细菌群落多样性存在差异。综上结果建议生产上选择适合桑品种的栽培土壤并改善土壤质量和施用高效微生物肥料,促进桑树根际土壤优势菌群的形成,从而促进桑树生长。

关键词: 桑品种 根际土壤 细菌群落 16S r DNA 变性梯度凝胶电泳 土壤理化性质

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16SrDNA方法对新鲜番茄中细菌分布的调查

西南农业学报 2015 北大核心 CSCD

摘要:采用16Sr DNA分子检测方法对番茄中细菌分布进行调查研究,寻找可能存在于番茄中的危害因子。结果表明,5个属的细菌分别是克雷伯菌属,假单胞菌属,泛菌属、肠杆菌属和欧文菌属,其中多数为软腐类细菌,该菌类对番茄本身造成腐烂,同时软腐细菌与人病原菌也存在协同作用。建议加强相关领域的研究并制定控制办法。

关键词: 16Sr DNA 番茄 细菌 调查

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1株产纤维素酶菌株的筛选及酶学性质的研究

贵州农业科学 2013 北大核心

摘要:为了进一步明确产纤维素菌在生产上的利用价值,拓展纤维素酶生产菌株的筛选渠道,采用CMC平板筛选和刚果红染色法,从四川师范大学成龙校区竹林地土壤中筛选获得1株产纤维素酶的菌株,编号为7F1,用聚合酶链式反应(PCR)扩增出菌株7F1的16SrDNA全基因序列,并对其进行测序,用blast软件在Genbank中对获取的序列进行同源性检索,并利用MEGA5.0软件构建系统发育树。结果表明:7F1菌株为B.aryabhattai,对菌株所产纤维素酶进行酶学性质的研究发现,该酶的酶促反应最佳作用温度是40~50℃,最佳作用pH 6.0~8.0,该菌株对纤维素有较好的降解效果。说明,菌株7F1具有潜在的工业应用价值。

关键词: 纤维素酶 芽孢杆菌科 16SrDNA 酶学特性

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四川泡菜中产γ-氨基丁酸微生物的分离及鉴定

食品与发酵科技 2013

摘要:为了获得具有产γ-氨基丁酸微生物,从四川传统腌制泡菜中分离到30株乳酸菌和5株酵母菌。通过薄层层析定性检测到2株乳酸菌具有产γ-氨基丁酸能力。两株乳酸菌以2%接种量,30℃发酵72h,利用氨基酸自动分析仪定量检测发酵液,γ-氨基丁酸浓度分别为501.4mg/100g、265.4mg/100g。通过16S rDNA序列分析和生理生化鉴定,确定这2株菌为短乳杆菌(Lactobacillus brevis)。5株酵母菌的发酵液均未检测到γ-氨基丁酸。

关键词: γ-氨基丁酸 短乳杆菌 16S rDNA 鉴定

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